Há cerca de 200 anos, existiam em Coimbra três mercados: o Mercado da Praça de S. Bartolomeu (hoje conhecida como “Praça do Comércio”), o Mercado de Sansão (em frente ao Mosteiro de Santa Cruz, no Largo de Sansão – atual Praça 8 de Maio), e um Mercado do Largo da Feira, em frente à Sé Nova. Após a extinção das Ordens Religiosas, que encerrou o Mosteiro de Santa Cruz, e devido à falta de condições nos mercados existentes, surgiu a necessidade de se construir um novo mercado que albergasse as vendedeiras e seus produtos.
A escolha do local não foi pacífica: de um lado, tínhamos a Sota, cujo orçamento de construção era inflacionado pela necessidade de altear os terrenos, que sofriam inundações frequentes, e de expropriar os habitantes da zona; do outro, a Horta de Santa Cruz (onde atualmente se encontra o Mercado), com orçamento mais baixo, mas cuja localização, longe do centro nevrálgico da cidade, não agradava à maioria. A escolha acabou por recair sob este último local, e o mercado recebeu o nome de “D. Pedro V”.
Em 11 de Março de 1903, as padeiras e as hortaliceiras do novo mercado insurgem-se contra a chamada “Lei do Selo”, que aumentava a carga de impostos. A estas juntaram-se operários, estudantes da academia, comerciantes, entre outros, que solidariamente iniciaram período de greve. Durante vários dias, a cidade parou, naquela que ficou conhecida como “Revolta” ou “Greve do Grelo”. A violenta manifestação resultou em mortos e feridos, acabando por ser suspenso o imposto que lhes deu origem, a pedido do Presidente da Câmara Dr. Dias da Silva.
Após várias remodelações e reconstruções, o mercado tal como hoje o conhecemos, nasce em Outubro de 2000. A esta estrutura, junta-se, em 2007, o elevador que liga o Mercado à Alta da cidade. Curiosamente, um projeto já avançado pelo Barão de Matosinhos, no ano de 1882, e para o qual ofereceu financiamento próprio.